Sau một thời gian triển khai thực hiện mô hình nuôi tôm siêu thâm canh trên địa bàn tỉnh, khó khăn nhất đối với mô hình sản xuất này là tình trạng xả thải từ các ao nuôi tôm ra môi trường bên ngoài. Vấn để nay đã gây ô nhiễm môi trường, nguồn nước khá nghiêm trọng. Hiện nay, trên địa bàn tỉnh đang tồn tại nhiều quy trình nuôi tôm khác nhau, chưa được đầu tư nghiên cứu sâu để có một quy trình chuẩn, phù hợp với điều kiện nuôi thực tế ở địa bàn tỉnh Cà Mau. Trong thiết kế ao, đầm việc bố trí tỷ lệ diện tích ao nuôi và ao xử lý nước, hệ thống diện, trang thiết bị chưa hợp lý, chưa đúng với quy định của ngành chuyên môn hướng dẫn. Tăng chi phí đầu tư, chất lượng con tôm giống và các yếu tố đầu vào còn nhiều bất cập. Việc tổ chức sản xuất và quy hoạch vùng nuôi tôm siêu thâm cạnh tập trung còn gặp nhiều khó khăn… Công tác quan trắc môi trường, giám sát dịch bệnh chưa được triển khai thực hiện thường xuyên và liên tục gây khó khăn trong công tác dự báo và phòng tránh thiệt hại cho người nuôi tôm.

Để phát triển nuôi tôm siêu thâm canh đạt hiệu quả cao trong năm 2018 và những năm tiếp theo, Phó Chi cục trưởng Chi cục Thủy sản tỉnh Cà Mau Nguyễn Văn Trung đề xuất: “Chính quyền địa phương và ngành chức năng tăng cường công tác tuyên truyền, vận động người dân thực hiện tốt các quy định trong nuôi tôm siêu thâm canh, nhất là về quy hoạch, bảo vệ môi trường, phòng, chống dịch bệnh, thực hiện an toàn về điện, chọn lựa con giống, vật tư có chất lượng tốt, tuân thủ quy trình nuôi để nâng cao hiệu quả. Phối hợp với các viện, trường tổ chức đào tạo nâng cao tay nghề cho lao động làm việc trong lĩnh vực nuôi tôm siêu thâm canh. Thường xuyên tổ chức các lớp tập huấn hướng dẫn kỹ thuật, chuyển giao công nghệ, hội thảo nhân rộng mô hình đạt hiệu quả cao để áp dụng rộng rãi. Các địa phương rà soát quy hoạch nuôi tôm thâm canh, siêu thâm canh để xem xét điều chỉnh bổ sung quy hoạch cho phù hợp với điều kiện tự nhiên và tình hình thực tế, không để xảy ra trường hợp phát triển nuôi ngoài quy hoạch. Triển khai, thực hiện tốt quyết định 1874, ngày 10/11/2017 của UBND tỉnh Cà Mau quy định điều kiện nuôi tôm thâm canh, siêu thâm canh trên địa bàn tỉnh Cà Mau. Đẩy mạnh công tác tổ chức sản xuất theo hướng liên kết chuỗi từ cung ứng vật tư sản phẩm đầu vào sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm đầu ra. Thường xuyên rà soát tình hình hoạt động sản xuất liên kết chuỗi để kịp thời phát hiện và tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc, nâng cao hiệu quả hoạt động, hoàn thiện các mô hình liên kết chuỗi giá trị trong nuôi tôm để nhân rộng trong toàn tỉnh. Hướng dẫn áp dụng các tiêu chuẩn về chất lượng trong nuôi tôm VietGap, GlobalGap, ASC,… để nâng cao chất lượng sản phẩm, đáp ứng yêu cầu về an toàn vệ sinh thực phẩm. Cần nghiên cứu quy trình nuôi siêu thâm canh tôm sú để hạn chế áp lực về sản lượng tôm thẻ chân trắng quá cao, vượt nhu cầu sẽ mất giá. Khuyến khích và tạo điều kiện cho các cơ quan, doanh nghiệp đầu tư nghiên cứu nâng cao chất lượng tôm giống, các biện pháp giảm thiểu ô nhiễm môi trường và phòng ngừa dịch bệnh, ứng dụng các công nghệ nuôi hiệu quả, thân thiện với môi trường, sử dụng chế phẩm vi sinh học…”.