Độ sâu mực nước cần duy trì từ 1,2 – 1,5 m, bờ ao cao hơn mức nước cao nhất 0,5 m. Độ trong có liên quan tới mật độ tảo và giá trị phù hợp từ 30 – 45 cm. Màu nước vàng nâu (màu nước trà) đặc trưng của tảo silic hoặc màu xanh nõn chuối đặc trưng của tảo lục. Mật độ tảo phù hợp tạo thuận lợi cho tôm sinh trưởng tốt. Mật độ quá cao kết hợp độ kiềm thấp dưới 80 mg/l sẽ làm pH biến động lớn trong ngày và ôxy ban đêm < 3 mg/l. Mật độ tảo quá cao dẫn tới hiện tượng nở hoa và gây ô nhiễm môi trường. Mật độ tảo thấp cũng không thuận lợi cho tôm phát triển. Cần duy trì mật độ tảo vừa phải, tương ứng với độ trong từ 30 – 45 cm.

Nếu mật độ tảo cao, thay 20 – 30% nước ao nuôi bằng nước sạch hoặc dùng chế phẩm sinh học diệt tảo (liều lượng theo hướng dẫn ghi trên bao bì sản phẩm), sau đó, đánh men vi sinh để phân hủy xác tảo, xi phông đáy và bổ sung nước mới sạch giúp ổn định môi trường. Nếu mật độ tảo thấp, sử dụng đạm (0,2 – 0,4 kg/1.000 m³) kết hợp lân P₂O₅ (0,3 – 0,6 kg/1.000 m³) hòa tan tạt đều khắp ao, những ao khó lên màu bón thêm bột zeolite hoặc dolomite liều lượng 7 – 10 kg/1.000 m3.

Độ muối tối ưu cho tôm sú từ 15 – 25 ppt, tôm thẻ chân trắng 5 – 25 ppt. Để điều chỉnh cần bổ sung nước mới, sạch có độ muối phù hợp. Ôxy hòa tan phải lớn hơn 5 mg/l, thường xuyên quan sát hoạt động của tôm. Ao nuôi thâm canh, cuối vụ phải bật quạt nước thường xuyên, đặc biệt từ 22 giờ đêm đến sáng sớm để tránh thiếu hụt ôxy.

Độ pH: khoảng 7,5 – 8,5, dao động không quá 5 đơn vị trong ngày. Nếu pH thấp dưới 7,5, dùng vôi CaCO₃ từ 15 – 20 kg/1.000 m3 nước hoặc vôi Dolomite từ 5 – 7 kg/1.000 m3 nước. Nếu pH cao trên 8,5 dùng đường mật hoặc đường cát 3 – 5 kg/1.000 m³ nước. Lưu ý, khi điều chỉnh độ pH, vôi cần được hòa tan và tạt đều mặt nước, làm 1 lần/ngày và trong 2 – 3 ngày, mỗi lần tạt xong cần kiểm tra lại độ pH để có biện pháp điều chỉnh phù hợp.

Độ kiềm phù hợp từ 80 – 180 mg CaCO₃/L, nếu độ kiềm thấp dùng Dolomite từ 5 – 7 kg/1.000 m³ nước hoặc vôi bột từ 20 – 30 kg cho 1.000 m³ nước. Độ kiềm cao có thể dùng đường mật hoặc đường cát với lượng 3 – 5 kg/1.000 m³ nước. Lưu ý, khi tăng hoặc giảm độ kiềm, nên làm từ từ trong  2 – 3 ngày và kiểm tra lại độ kiềm để có biện pháp điều chỉnh phù hợp.Các chất hữu cơ có trong ao nuôi tôm được đánh giá thông qua thông số COD (phù hợp < 10 mg/l) và BOD₅ (phù hợp < 5 mg/l). Chỉ tiêu NH₄ và PO₄ là muối dinh dưỡng cần thiết cho tảo sinh trưởng. NH₄ phù hợp từ 0,25 – 0,5 mg/l và PO₄^3- từ 0,2 – 0,3 mg/l.

Các khí độc được hình thành từ sự phân hủy yếm khí (thiếu ôxy) các chất hữu cơ: thức ăn thừa, từ chất thải của tôm… Tiêu chuẩn phù hợp cho tôm nuôi NH₃ và H₂S <0,1 mg/l và NO2 < 0,25 mg/l. Khi giá trị các thông số nêu trên vượt ngưỡng sẽ ảnh hưởng xấu tới tôm nuôi, cần thay nước mới sạch để giảm nguy cơ ô nhiễm. Tăng cường quạt khí để bổ sung ôxy. Sử dụng một số loại chế phẩm sinh học có tác dụng phân giải các chất hữu cơ và khí độc trong ao, liều lượng theo hướng dẫn trên bao bì sản phẩm.

Để đảm bảo môi trường thuận lợi cho tôm sinh trưởng tốt, cần định kỳ kiểm tra giám sát môi trường từ đó có biện pháp xử lý kịp thời. Các thông số kiểm tra hàng ngày gồm: Nhiệt độ nước, độ trong, màu nước, độ pH và ôxy hòa tan. Kiểm tra hàng tuần: độ muối, độ kiềm, COD, BOD₅, NH₄, PO₄, NH₃, NO₂ và H₂S.